ממרפסת המוזאון ניתן לצפות בנוף מרהיב: ​  נקודת המפגש של הרי הגלעד והרי הגולן, ממנה זורם מצפון לדרום נהר הירמוך.

הממצאים שנאספו מוינו וסודרו במקלט והיוו את הבסיס להקמת מוזיאון שב-1950 הוכרז כמוזיאון הפרהיסטורי הראשון בארץ.  למוזיאון זה יצא מהר מאוד מוניטין בין אנשי המדע בארץ ובעולם ומבקרים רבים החלו לפקוד אותו.
יהודה רiת, שניחן בכישרון של מספר ושל איש שיחה מרתק, מצא במוזיאון כר נרחב לכישרונו זה. יהודה פיתח וניהל את המוזיאון במשך 40 שנה, והתמיד לפעול בו עד ליומו האחרון.

בשנים הראשונות למוזאון, הוצגו הממצאים במקלט. רק בשנות ה-80 נבנה מבנה המוזיאון הנוכחי המשקיף על הירמוך ואליו הועברו ממצאי החפירות.

ההנחה הראשונית של שטקליס שהירמוכים התגוררו בבקתות עגולות השקועות חלקית באדמה. נסתרה לאחר חפירות נוספות נערכו באתר בידי פרופ' יוסף גרפינקל מהאוניברסיטה העברית בירושלים בשנים 1990-1989, 2004-1996. בתקופת החפירות נחשפו ממצאים רבים נוספים באתר ומאפיין נוסף של התרבות הירמוכית – בנייה בהיקף נרחב, שאין לו אח ורע באותה תקופה.

על אף שנתגלו אתרים נוספים עם שרידי התרבות הירמוכית, הכפר הירמוכי בשער הגולן הוא הגדול והעשיר מכולם. פרופ' גרפינקל, דבר זה מצביע על כך שככל הנראה האתר שימש כמרכזה של התרבות.

פרופסור יוסי גרפינקל : המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים. 
שימש למעלה מ-20 שנה כאוצר המוזיאון ושותף פעיל בעיצובו ובהפעלתו.
פרופ' גרפינקל, עמד בראש משלחת החפירות בכפר הירמוכי, למעלה מעשר עונות וגילה ממצאים מרעישים, הקשורים בעיקר למבנה הארכיטקטוני של הכפר. בשנים האחרונות לא מתקיימות חפירות באתר.